欲修持藥師如來法門者，應供藥師如來像。上海佛學書局有石印彩色之像，可以供奉，宜裝入玻璃鏡中。供像之處，不可在臥室。若不得已，在臥室中供奉者，睡眠之時，宜以淨布覆蓋像上。
藥師經，供於桌上。不讀誦時，宜以淨布覆蓋。
供佛像之室內，須十分潔淨，每日宜掃地，並常常拂試桌子。
供佛之香，須擇上等有香氣者。
供佛之花，須擇開放圓滿者，若稍殘萎，即除去。花瓶之水，宜每日更換。若無鮮花時，可用紙製者代之。
此外如供淨水供食物等，隨各人意。但所供食物，須人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹調之蔬菜等皆不可供。
以上所舉之供物，應於禮佛之前預先供好。凡在佛前供物或禮佛時，必須先洗手漱口。 此外如能懸幡燃燈尤善，無者亦可。
以下略述修持課儀，分為七門。其中禮敬讚歎供養迴向發願，必須行之。誦經持名持咒，可隨己意，或惟修二法，或僅修一法，皆可。
一、禮敬
十方三寶一拜，或分禮佛法僧三拜。本師釋迦牟尼佛一拜。藥師琉璃光如來三拜。此外若欲多拜，或兼禮敬其他佛菩薩者，隨己意增加。 禮敬之時，須至誠恭敬，緩緩拜起。萬不可匆忙。寧可少拜，不可草率。
二、讚歎
禮敬既畢，於佛前長跪合掌，唱讚偈云：
「歸命滿月界 淨妙琉璃尊法藥救人天 因中十二願慈悲弘誓廣 願度諸含生我今申讚揚 志心頭面禮」
以上讚偈出自藥師如來消災除難念誦儀軌。唱讚之時，聲宜遲緩，宜莊重。
三、供養
讚歎既畢，於佛前長跪合掌，唱供養偈云：
「願此香花雲 遍滿十方界一一諸佛土 無量香莊嚴具足菩薩道 成就如來香」
供養畢，或隨己意增誦懺悔文，或可略之。
四、誦藥師經
字音不可訛誤，宜詳考之。
誦經時，或跪或立或坐或經行皆可。
五、持名
先唱讚偈云：
「藥師如來琉璃光 焰網莊嚴無等倫 無邊行願利有情 各遂所求皆不退」
然後念「南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來」一聲後再持念「藥師琉璃光如來」名號一百零八遍。若欲多念者，隨意。
六、持藥師咒
或據經中譯音持念，或別依師學梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八遍。或先念全咒七遍，繼念心咒一百八遍，後復念全咒七遍。心咒者，即是咒中唵字以下之文。
未經密宗阿闍黎傳授，不可結手印。擅結者，有大罪。
持咒時，不宜大聲，惟令自己耳中得聞。
持咒時，以坐為正式，或經行亦可。
七、迴向發願
迴向與發願大同，故今併舉。其稍異者，迴向須先修功德，再以此功德迴向，惟願如何云雲。若先未作功德者，僅可雲發願也。
迴向發願，為修持者最切要之事。若不迴向，則前所修之功德，無所歸趣。今修持藥師如來法門者，迴向之願，各隨己意。凡藥師經中所載者，皆可發之，應詳閱經文，自適其宜可耳。
以上所述之修持課儀，每日行一次或二次三次。必須至心誠懇，未可潦草塞責。印光老法師云：有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益。吾人修持藥師如來法門者，應深味斯言，以自求多福也。